皖西学院计算机基础实验中心前身为六安师专计算中心、皖西联大计算中心和六安师范微机电教组。

2001年5月，六安师专、皖西联大和六安师范三校实质合并正式成立皖西学院。合并后将原六安师专计算中心、皖西联大计算中心和六安师范微机电教组合并，成立计算中心，隶属于现代教育技术中心，统管三校区计算机公共机房及公共计算机基础课的教学工作。

2002年5月，撤销现代教育技术中心，成立计算机科学与技术系，计算机基础实验室划归计算机科学与技术系。2003年秋以来，计算机基础实验室得到较快的发展，建起了部分计算机专业实验室及思科网络实验室，同时也扩充了计算机公共机房的规模。

2004年7月，学校恢复现代教育技术中心处级建制，计算机基础实验室划归现代教育技术中心。

2005年9月，现代教育技术中心建立语音教学中心。

2006年1月，计算机基础实验室分为计算机专业实验室和计算机基础实验中心两部分，其中计算机专业实验室隶属于计算机科学与技术系，计算机基础实验中心隶属于现代教育技术中心，收归学校管理。

2017年9月，创业学院整体划归计算机基础实验中心管理。

2018年9月，外国语学院同声传译室移交计算机基础实验中心管理。

目前，计算机基础实验中心隶属文科综合实训中心，负责管理计算机公共课和大学英语网络课程机房及数字语音室。